Разъяснени ФАС или условия договора?

В нашем гос.контракте прописано только одно условие, при наличии которого заказчик может удерживать неустойку из оплаты актов приёмки услуг последующих периодов.
По факту заказчик удерживает неустойку по совершенно иному основанию, которое к ГК не прописано. Ссылается на письмо ФАС ИА/19716, которое относилось к ФЗ-94.
Что будет приоритетнее - разъяснение ФАС или условия гос.контракта?
(учитывая, что вместо ФЗ-94 на сегодняшний день действует ФЗ-44).