Правила въезда

Добрый день. Подскажите, пожалуйста. Визу дала Германия. На поезде хочу доехать до Праги и оттуда на машине до Германии. Т.е. в тот же день я буду в Германии. Ставят ли отметки и Чехия, и Германия в паспорте? Я просто боюсь, что поставят чехи только. И если опять обращусь к немцам в посольство, они подумают, что в Германии я не была к примеру. Выезжать планирую из Германии и находится там буду. Или проще до Берлина сразу на поезде доехать? Мне просто нужна другая часть Германии ближе к Мюнхену. Посчитала, что можно сэкономить около 2 часов.