Ага... ???
Это попытка передать интонацию.
Сравните:
1. Он хороший человек.
2. Он хороший человек, ага.
В первом предложени просто утверждение, а во втором появляется некоторая вопросительная интонация, неуверенность/недосказанность, собеседника мотивируют выразить свое мнение по поводу.
Вопросительная интонация и неуверенность? С "ага"? Да скорее махровая ирония и уверенность! :). "Как же" - из этой же серии.
Вопросительная не в смысле подтверждения, а наоборот, в смысле что хорошесть человека под некоторым сомнением, говорящий знает факты, которые могут эту "хорошесть" подпортить.
Я у мужа переняла, и, зараза, никак не отделаюсь. Он во время телефонного разговора всегда вместо да - ага говорит. Вот и я теперь, бесит:(

Вместо да ага я тоже бывает говорю, а вот когда именно в конце вроде бы законченного предложения, бесит

Ага не в смысле "да" или в вначале предложения, а именно в конце. Про эмоциональный окрас и интонацию я поняла...

У меня это слово имеет несколько "происхождений":
- полуироническое - мол, что, сьели, крыть нечем? или "ну-ну, попробуй возрази"
- подтверждение сказанного: вроде "вот так вот!"
- калька с какого-то из "респебликанских языков бывшего СССР: у какого-то из народов так говорят, типа как у чукчей "однако".
- из новой страны проживания а) калька из английскиго "isn't it?" (не правда ли? в в смысле: ты что, сомневаешься?)
- чисто канадское "eh!" (произносится как "эй"), значит - именно то же самое, что "ага" в контексте. То есть слово-паразит, междометие, подчеркивающее сказанное прежде.