Коммерческая недвижимость, коммуналка
Подскажите, как лучше получать от арендателя деньги за коммуналку, ибо при переводе на счет налоговая их расценивает как прибыль.

Начинать надо с договора. Что в договоре написано?
И не всякую коммуналку можно перевыставить, на некоторые виды расходов нужна лицензия.
Давным-давно разбирала этот вопрос. Посмотрите на Клерке. Есть масса статей на эту тему. Выберите тот вариант, который подходит вам и арендатору. Об арендаторе тоже надо подумать, если просто заставить его оплачивать ваши расходы, то они не смогут принять эти суммы в свой расход.
Там не настолько огромный налог, он бесследно растворится если его приплюсовать к аренде. Мы на работе не заморачиваемся, всё в цену плюсуем, кроме того, что провести нельзя.

Я не могу даже предположить величину налога для автора, так как непонятно, является ли автор физическим или юридическим лицом, а также какую систему налогообложения он применяет.
Коммуналка бывает очень разная. У меня на работе есть сданный в аренду цех, там стоит оборудование, которое потребляет существенное количество ресурсов, суммы электроэнергии весьма приличные.
Мы под офисы сдаём помещения без счётчика электричества, дополнительно только можно отдельно интернет протянуть. А в цеха ставим счётчики и производства оплачивают потребленную электроэнергию по городскому тарифу. Налоги и сборы прячутся в аренде в таком случае-они арендуют сотни метров, там эти налоги легко компенсируются.

Автор как ип сдает. налоговая платежки за коммуналку рассматривает как доход и снимает с них %.

Выгоднее всего никак!
Налоговая не расценивает это как прибыль, просто упрощенная маленькая ставка налога - это налог на доход! Без учета расходов! То есть просто налог на всю полученную сумму.
Если вы в налоговую предоставите доходы-расходы, то ставка будет совсем другая - не 4 или 6%, а 13-15%. По итогу в случае с квартплатой гораздо выгоднее платить упрощенку и забить на расходы на коммуналку.
