Банковская ячейка
Кто-нибудь знает как делается закладка в альтернативной цепочке, каждый в свою ячейку или оба пакета в одну?

В разные конечно же. Надо состыковывать суммы (если идут из разных источников), раскладывать на тех, кто будет получать.
А чем это мотивировано, не объясните? Просто расходов получается больше, да и забирает всё один человек, конечный продавец.

Да, но если ключи от обеих ячеек у меня? То мне что два раза приходить открывать им ячейки?

Если они должны забирать деньги, а не Вы, тогда да, надо будет после регистрации отдать им ключ в обмен, к примеру, на расписку о том, что бывший собственник купленной Вами квартиры получил от Вас полную сумму за квартиру и никаких претензий к Вам не имеет.
Нет, продавец я и получаю деньги от двух сделок,которые регистрируются в разных городах, а деньги в двух ячейках, вообщем кошмар в ночи.

Вероятнее всего, Вам не придётся никому ячейки открывать. Сами и заберёте Ваши денежки. Хорошо, что ключи у Вас. Главное, чтобы условия доступа в ячейку и сроки были правильными. В этом случае Вы можете спать спокойно и ждать окончания срока регистрации Вашей сделки.
все оказалось намного сложнее, я за доступ под условием только моего зарегистрированного договора в оговоренные сроки, страшно зависеть от исхода первой сделки.

Ничего сложного не вижу, вполне стандартная ситуация по альтернативной сделке, если у Вас в условиях доступа дополнительно есть ксерокопия второго Договора. Бывает и по три ксерокопии Договоров в условиях доступа, и даже больше бывает.
Если все ДКП в цепочке уже сданы на регистрацию, если Вы выбрали хорошего опытного риэлтора, если продавцы вменяемы и добросовестны, тогда вероятность того, что какой-то из Договоров не зарегистрируют и Вы деньги не получите, стремится у нулю.