Сделка. Боюсь.
Подскажите, открываем счет в банке и ждем свидетельства.. А если банк лишат лицензии пока мы 12 дней ждем сви-ва??? Все ?? Без квартиры и без денег???

Там больше риски не с банком, а с военным ведомством связаны. Но почти наверняка квартира будет в залоге у продавца до момента окончательной ее оплаты, что риски очень сильно уменьшает.
Не будет квартира в залоге у продавца до момента оплаты. Квартира сразу же уходит в залог банку при регистрации. Риски очевидны.
подписываем договор, я продаю свою квартиру( по военной ипотеке) и покупаю другую. Деньги на р/с моего продавца и в рег.палату. Когда собственность оформлена продавцу разблокируют р/с. Как то так.

Т.е., расчет через аккредитив. И сразу же во время регистрации регистрируется переход права и оформление залога (т.е. ипотеки).
Правильно делаете, что боитесь.