О неграмотности школьников

Попалась мне статья "Психолого-педагогические причины неграмотности современных школьников", автор Ясюкова Л.А. В интернете легко найти по названию.
В статье утверждается, что главная причина неграмотности - усиленное развитие фонематического слуха у детей, начиная с детского сада и всю начальную школу. Потом, мол, дети начинают писать так, как слышат, неграмотно.
Но это одна точка зрения, мне показалось, имеющая какую-то связь с обучением по кубикам Зайцева. Хочется критики этой статьи и обоснования принятого сейчас метода обучения чтению и письму, когда много времени и внимания тратят на фонематический анализ. Ну ведь не дураки же все эти методисты, у них должны быть какие-то причины учить именно так.