Меньше чем на 1 млн

Нет, вы неправильно поняли. Вычет может быть использован или в размере цены покупки ИЛИ в размере 1 млн..

"Вместо вычета сумму налога можно уменьшить на сумму фактически понесенных расходов на приобретение жилья (пп. 2 п. 2 ст. 220 НК). Например, 2 года назад вы купили квартиру за 3 млн рублей и теперь продаете ее за 3,5 млн рублей. Если вы сможете подтвердить сумму при покупке документально (например, тем же договором купли-продажи), налог будете платить лишь с 500 тыс. руб. (3,5 млн - 3 млн). Соответственно, если сумма при продаже будет ниже, чем сумма при покупке квартиры, налог платить не придется"
Официальная статья на Правоведе. Если она завысит сумму при продаже меньше 1 млн, то платить налог она будет только с суммы меньше 1 млн.

Какой налог с продажи? Итак, вы продаете квартиру, срок владения которой менее минимального. И уже смирились с тем, что часть денег придется отдать в бюджет. Часть, это сколько? Как рассчитывается налог с продажи недвижимости? Независимо от вида недвижимости, размер налога составит 13% от полученной по договору суммы (ст. 224 НК). Если это 3,5 млн руб., сумма налога составит 3,5 млн * 13% = 455 тыс. руб. Грабеж, не иначе! А потому спешим применить вычет. При прочих равных сумма налога составит уже 325 тыс. руб. = (3,5 млн - 1 млн) *13%. А если квартира была куплена и сохранились документы с суммой при ее покупке – еще лучше, для продавца это гораздо выгоднее. Представим, что квартира была куплена за 3 млн, а продается за 3,5 млн рублей. В таком случае для целей налогообложения учитывается лишь 500 тыс. руб. (3,5 млн - 3 млн), а сумма налога составит всего 65 тыс. руб. (500 тыс. *

Подробнее на Правовед.ru: ht