Доп соглашение к основному договору имеет юр силу?

Да, имеет. Напишут - исключить пункт такой то.

Спасибо. Можно просто исключить этот пункт, или обязательно написать эту фразу?

Вы не совсем поняли. В допнике не переписывают весь текст договора. Только те пункты, которые подлежат изменению. Поэтому если вы исключаете один пункт, то текст допника будет содержать только фразу «исключить пункт …». И допник будет неотъемлемой частью договора.

лучше всё же
Стороны составили дополнительное доп соглашение о нижеследующем:
1. Стороны пришли к соглашению исключить пункт № такой-то из Договора.
2. В остальной части оставить Договор №___ от ___ без изменений.
3. Настоящее Дополниетльное соглашение составлено в 2 (двух) экземплярах, по одному для каждой из Сторон.

если хотите что-то поменять в каком-то из пунктов, то формулировка
Изложить п.___ Договора в следующей редакции:

если дополнить каким-то пунктом, то
Дополнить Договор пунктом следующего содержания:

всё это прописывается отдельными абзацами с отдельными номерами, ДО пунктов "в остальном оставить без изменений" и "в двух экземплярах"

Спасибо
Если договор будет тот же, а ненужный пункт просто убрать, без всяких пометок?

Договор будет тот же. Ничего убирать не надо.
К нему Доп.соглашение.

Я про корректировку допсоглашения.
Понятно, что основной договор тот же

В допнике только те пункты, которые подлежат корректировке. Как это будет выглядеть вам Татьяна подробно текст привела.

+ много

Дополнительное соглашение к Договору № ___ от ___
город дата
Шапка из основного договора с реквизитами сторон ___, совместно именуемые Стороны, составили настоящее Дополнительное соглашение о нижеследующем:
1. Стороны пришли к соглашению исключить пункт № такой-то из Договора.
2. В остальной части оставить Договор №___ от ___ без изменений.
3. Настоящее Дополнительное соглашение составлено в 2 (двух) экземплярах, по одному для каждой из Сторон.
подпись раз
подпись два

фсё!)))