Кризис 3-х лет или всё-таки сад?

Я бы однозначно на сад думала. В нашем саду психолог говорила, что ночные крики это типичная реакция на оставление на дневной сон - не готов ребенок. У нас в группе девочка так среагировала. Перестали оставлять, ходили 2 недели до обеда, потом опять на сон оставили. Кричать ночью перестала, но после дневного сна плачет. Опять перестали на сон оставлять. Но ведь есть положительная динамика - значит, привыкнет.

Боюсь,если сейчас перестать оставлять на сон,то рано или поздно снова начнём оставлять и где гарантия,что такой же реакции не будет :( Может стоит это перебороть сейчас?

Гарантий никто ни на что не дает - ни на то, что вкакиваний потом не будет, ни на то, что заикания не будет от излишнего стресса. Мне кажется, что у Вас самой слишком мало исходных знаний, чтобы это решение принять. Может, сходите к садовскому психологу? А "перебороть" - это одна из возможных методик, со своим плюсами и минусами. Дети ко всему способны приспособиться и со всем смириться. Это исключительно вопрос последствий для психики. Вы лучше знаете своего ребенка, что для него "перебор" и чем это обычно оборачивается.
Есть альтернативная метода - прислушиваться к ребенку и двигаться вперед осторожно, иногда откатываясь назад, давая возможность приспособиться и свыкнуться. Пример такой методы я Вам уже написала выше - про девочку в нашей группе сада.

мне кажется кризис 3хлеток проявляется как угодно, но никак не ночными вскакиваниями

Согласна. Т.е. в кризис 3-х лет ночные вскакивания могут появиться только как следствие образовавшегося невроза из-за крайне неграмотных реакций родителей на изменившееся детское поведение. Это следствие сада, согласна с Вами