На один поезд разная цена

Разные вагоны, это очень важно. Лучше тот, что дороже, современнее. У поезда же составные вагоны.

Он почти в 2 раза дороже :(

Это нормально, привыкайте.

Поеду в плохом

Разные "перевозчики", т.е. сам вагон принадлежит разным организациям. Мне попадались ФПК, ДОСС, ТКС, это при выборе вагона видно. У них разные правила ценообразования. Кто-то периодически даёт скидки на верхние полки и места рядом с туалетом и т.п.
Когда выбираете вагон, рядом с типом вагона отображается буквенно-цифровое обозначение. Это класс вагона. Из того, что нагуглилось по плацкарту:
3Э — плацкартный вагон с кондиционером и биотуалетом.
3Т — вагон кондиционируется, биотуалета может не быть.
3Д — в вагоне есть кондиционер. Наличие биотуалета не гарантировано. Разрешена перевозка животных.
3У — аналогично 3Д, но не гарантировано наличие кондиционера.
3Л — кондиционер и биотуалет не предусмотрен.
Если перевозчик ЗАО «ТКС», то в вагоне класса 3У предполагается наличие кондиционера и биотуалетов. Есть розетки в каждом отсеке, работает видеонаблюдение. Пассажирам предоставляется дорожный набор, постельное бельё. Животных провозить нельзя.

По опыту скажу, что цена - не показатель качества вагона. Бывают прилично ушатанные вагоны, но с кондиционером и туалетом, переоборудованным под био. Если путешествие - дело всей жизни, можете заморочиться и посмотреть в интернете отзывы по конкретному поезду.

Фирменный ржд, 3Э и 3Б

РЖД - это не владелец вагонов, смотрите что-то похоже на приведенные мною аббревиатуры.
В 3Б животных можно перевозить, в 3Э - нельзя.
Вот здесь более полный список: https://www.onetwotrip.com/ru/poezda/faq/voprosy/типы-вагонов-и-классы-обслуживания-в-п/

Я так поняла, разница только в животных и все..

Вот здесь перевозчик отображается.

Перевозчик один, а вот вагоны разные, который дороже, тот фирменный. Спасибо, примерно понятно, который дешевле, тот старый

Не факт, к сожалению. Сейчас конечно вагоны очень массово обновились, почти все современные. Но на пиковые даты особенно бывает выгоняют вагоны со времён моего детства. Биотуалет там ставят, кондиционер более-менее работающий и уже высокого класса считается вагон. Так что, лотерея. Ну или смотрите вагоны, где больше всего мест раскуплено. Люди, которые часто путешествуют по этому маршруту, покупают билеты в определенные вагоны.

У меня не пиковые даты, да и не популярное направление

Как будто это впервые так.. Уже несколько лет такое практикуется.. + цена от сезона зависит..

Я тоже как автор не знала, вообще не езжу, раз пять в жизни. И про разнокалиберные вагоны узнала постфактум.