Помогите выбрать

И так и так неплохо :).
Но во втором варианте на мой вкус многовато вы хотите впихнуть в 10-11 дней.

2. Я тоже нигде не была и в таких случаях предпочитаю охватывать по максимуму.

2й вариант в плане вылетов удобнее, но сам маршрут я бы поменяла исходя из того, что если вы едете с экскурсионкой на машине, то я бы не стала возвращаться опять в ту же точку, теряя время. Но городов на 10 дней слишком много, что-то надо урезать, чтобы не вышло так, что вы все это проехали галопом, толком ничего не посмотрели и не запомнили, одни дороги. Вы, конечно, делайте исходя из своего понимания прекрасного)) но напишу Вам свой опыт, может пригодится: на Вену надо пару полных дней точно, на Инсбрук и Мюнхен по 1 полному дню, Будапешт - минимум 2 дня.

На Вену нужно дня 4 (и то, если совсем не замахиваться на окрестности). На Мюнхен 4 дня - это в очень быстром темпе и всё равно это галоп по верхам, Зальцбург лучше смотреть пару дней. Будапешт за 2 дня - это тоже галоп и "фотография на память". Прага - это тоже 4 дня в очень-очень быстром темпе.

Спасибо большое, а как Вы считаете, что лучше посетить в первую очередь? Посмотреть Вену и окрестности, а потом двинуться в сторону Мюнхена?

Ну если вы всё-таки решили остановиться на своём втором варианте, то я бы сразу из аэропорта Братиславы ехала бы в Вену, останавливалась там ночи на 4. Потом Зальцбург пару ночей. Потом Инсбрук проездом в Мюнхен. Или одна ночь в Инсбруке, а потом Нойшванштайн и Фюссен проездом в Мюнхен. Потом 3-4 ночи в Мюнхене.
А перемещаться вы как планируете? Если на машине, то в Вене и Мюнхене вам нужно жильё с парковкой, а по городу перемещаться там лучше без машины. В Зальцбурге я с машиной не была, но думаю, что с парковками так же, как и в Вене, и в Мюнхене.

Выбрали первый вариант.
Планируем обязательно взять машину

Спасибо, а чем удобнее в плане вылетов?

действительно, зачем так много городов на 10-11 дней? по 2-3 дня в каждом ок, учитывать же переезды тоже надо, заселение-выселение из жилья. прием пищи тот же, поход за продуктами. утром там встать, в туалет сходить всем, собраться.
итого это максимум 3-4 часа утром и столько же после обеда. а это не так много, чтобы реально побыть в городе, погулять, а не из окна авто посмотреть - выйти щелкнуться у достопримечательности и дальше ехать.
парковки в одном месте обычно - не в центре города. центр пешеходный-гулять надо!
самые интересные имхо города из списка это Прага и Будапешт на них и 3-4 дней мало. остальное и правда можно проехать одним днем, но надо посчитать процентное соотношения нахождения в самом городе и дороги до него. А то может не имеет смысл в него ехать, если дорога сожрет много времени

Проехаться по Бавариии, это холмистая местность, много серпантинных дорог, сможете ли ?
В горах нужен особый навык вождения.

Не пугайте народ. Лишь на самом юге "серпантинные дороги" встречаются

Извините, но Бавария именно что холмистая местность, в которой нет серпантинных дорог.