В чём разница между и.о. и руководителем

Я была и.о. начальника отдела на период декретного отпуска начальника, где то года полтора
разницы никакой, и в ответственности тоже

Это всё фикция. Не существует должности "и.о. руководителя". Вас могут временно перевести на должность руководителя (например, до выхода на работу постоянного сотрудника на эту должность (каковой должен быть нанят, видимо)).

Статья 72.2. Временный перевод на другую работу

По соглашению сторон, заключаемому в письменной форме, работник может быть временно переведен на другую работу у того же работодателя на срок до одного года, а в случае, когда такой перевод осуществляется для замещения временно отсутствующего работника, за которым в соответствии с законом сохраняется место работы, - до выхода этого работника на работу. Если по окончании срока перевода прежняя работа работнику не предоставлена, а он не потребовал ее предоставления и продолжает работать, то условие соглашения о временном характере перевода утрачивает силу и перевод считается постоянным.
...

"Так и передай своему папе!" (с)

Если честно я ещё не отошла от посещения сегодня отдела кадров.Пригласили подписать документы о переводе на должность руководителя (должность свободна с середины ноября 2011г.,после увольнения руководителя я фактически выполняла его обязаности).Приказ и доп.соглашение напечатанные в отделе кадров подписаны президентом компании я тоже их подписала.На словах кадровичка сказала что ей сделали замечание и я не могу занимать должность руководителя не имея ВО (трое до меня тоже не имели ВО и им это не мешало быть руководителями) и буду и.о. руководителя.Внесла от руки черной ручкой в мой напечатанный экземпляр доп.соглашения ИСПОЛНЯЮЩИЙ ОБЯЗАННОСТИ и запись в трудовой будет делать И.О.. Я пока в шоке.Понимаю что это не правильно,как быть дальше.

Получать ВО. И.о. - это временно, пока не найдут на это место человека.

У нас 30 подразделений половина руководителей не имеют ВО.За 10 лет в нашем отделе сменилось 3 руководителя у них не было ВО. Меня больше волнует вопрос если нет такой должности И.О как на неё можно перевести и сделать о ней запись в трудовую книжку? И как можно от руки исправить напечатанный документ подписанный президентом?

у меня в трудовой было и.о.

Вы были И.О. занятой должности,а у нас должность вакантная.

Ну тогда и исполнять обязанности без ВО вы не можете.
ИО вакантной должности быть нельзя.
Нельзя исполнять обязанности того, кого нет.
Запись об ИО в трудовую не вносятся.
Вам так важна запись?

Запись об И.О. мне не нужна,мне не понятна (и поэтому напрягает) сама ситуация и мои правильные действия в этой ситуации.

Наверное придётся сегодня в ОК звонить. Подскажите на какие законы или инструкции ссылаться?

В статье 72.2 нет ничего о вакантной должности. В моём доп. соглашении написано "Работник переводится на должность(от руки сверху исполняющей обязанности) руководителя".

В статье нет о вакантной должности, но временный перевод возможен и по той схеме, которую я описала. Запрета на это нет.
По поводу того, что делать - ничего не делать. Это их проблемы. Они думают, что таким образом можно подстраховаться и скинуть вас в любой момент с должности руководителя. На самом деле, конечно, нет. Так что это их ошибка и отвечать, если что, будут за неё они (при проверке).
Если вас впоследствии обидят - смело насылайте на них ГИТ :).
Последующие ваши работодатели (если таковые будут :) ) будут воспринимать эту запись в трудовой как запись безо всякого и.о.
Что касается высшего образования, то просто переделывается должностная инструкция под вас, вот и всё. Часто в должностной инструкции есть оговорка типа "в исключительных случаях, учитывая опыт..." и т.д.

Спасибо за ответ. Звонила сегодня в ОК,на свои вопросы получила ответ - по новому закону руководство может придумать любую должность. Дальше разговаривать не вижу смысла,буду плыть по течению.